该中心包括组培快繁中心、炼苗区及脱毒原种圃三个部分，既功能独立又布局统一。东侧组培中心为两层楼体结构，面积7200平方米，是集科研、教学和生产于一体的现代化组培室和多功能综合实验室，用于果树育种、良种脱毒、快速繁育及病毒检测。西侧炼苗区为现代化玻璃温室，面积3600平方米，采用智能控制系统，调节温室的温湿度，主要用于组培苗的炼苗，使其定植后能够迅速适应陆地的不良环境条件，缩短缓苗时间，增强对低温、大风等的抵抗能力。
烟台农科院采用高温热处理、化学处理、超低温保存结合微茎尖剥离技术等一套组合式脱毒技术，对苹果砧木和品种脱毒技术和工厂化育苗技术进行了研究，建立了苹果砧穗病毒脱除、病毒检测、组培快繁、生根、温室炼苗移栽等一整套无病毒苗木工厂化繁育技术体系，获得脱毒砧木嫁接脱毒品种，真正实现了苹果双脱毒苗木的繁育。2014年至2019年累计繁育烟富3号、2001富士、太平洋嘎拉、红露等苹果双脱毒苗木752万株，繁育脱毒接芽8603万个。
烟台苹果脱毒种苗繁育中心拥有苹果病毒脱除与检测、无病毒原种保存、无病毒原种圃、无病毒采穗圃和无病毒苗木生产园等一整套完整的果树无病毒苗木繁育体系。建立了APSV、ACLSV和ASGV等3种病毒同时检测的多重RT-PCR检测体系，显著提高了病毒检测效率，准确率达到98%以上。烟台农科院培育的脱毒苗木对老果园更新换代改造具有明显优势：树势生长旺盛、抗病性强、耐重茬、果个大、商品果率高，成为烟台地区老果园更新改建的首选苗木。
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